1. คณะกรรมการอำนวยการหอจดหมายเหตุสาธารณสุขแห่งชาติ มีรัฐมนตรีว่าการกระทรวงสาธารณสุข เป็นประธานกรรมการ ซึ่งมีอำนาจหน้าที่ดังต่อไปนี้

         - กำหนดนโยบายและทิศทางการทำงานของกองจดหมายเหตุสาธารณสุขแห่งชาติ เพื่อให้บรรลุตามเป้าหมายสูงสุด

         - ส่งเสริม สนับสนุน อำนวยการและมอบหมายงานที่เกี่ยวข้องให้ดำเนินงานตามเป้าหมายที่กำหนด

2. ผู้อำนวยการหอจดหมายเหตุสาธารณสุขแห่งชาติ มีอำนาจหน้าที่ดังต่อไปนี้

        - บริหารงานของกองจดหมายเหตุสาธารณสุขแห่งชาติให้เป็นไปตามนโยบายที่คณะกรรมการอำนวยการกำหนด

        - บริหารงานของกองจดหมายเหตุสาธารณสุขแห่งชาติให้เป็นไปตามหลักวิชาการด้านจดหมายเหตุและตามวัตถุประสงค์แห่งการจัดตั้งให้ประสบความสำเร็จสูงสุด

        - ให้ข้อเสนอแนะทางเทคนิคการจัดการจดหมายเหตุแก่คณะกรรมการอำนวยการเพื่อให้การกำหนดนโยบายการดำเนินงานเป็นไปอย่างถูกต้องตามหลักวิชาการและเกิดประโยชน์สูงสุด

        - ให้การสนับสนุนด้านงานจดหมายเหตุ งานหอประวัติศาสตร์สุขภาพ งานวิจัยและงานบริหารทั่วไปของกองจดหมายเหตุสาธารณสุขแห่งชาติ เพื่อประโยชน์ในการจัดเก็บ อนุรักษ์และให้บริการข้อมูลสำคัญทางด้านประวัติศาสตร์การแพทย์ การสาธารณสุข และระบบสุขภาพไทย

3. ฝ่ายจดหมายเหตุฯ จำนวน 6 คน มีหน้าที่รับผิดชอบดังต่อไปนี้

       - งานรับมอบเอกสาร

       - งานวิเคราะห์และประเมินคุณค่าเอกสาร

       - งานจัดหมวดหมู่เอกสาร

       - งานจัดหนังสืออ้างอิง

       - งานอนุรักษ์เอกสาร

       - งานจัดทำเครื่องมือช่วยค้น/Digital Archives

       - งานให้บริการสืบค้น ให้อ่านเอกสารและหนังสืออ้างอิง

       - งานให้บริการสำเนาเอกสาร

       - งานพัฒนาการด้านจดหมายเหตุ

       - งานพัฒนาศักยภาพของนักจดหมายเหตุ

       - งานอื่นๆ ตามที่ผู้บังคับบัญชามอบหมาย

4. ฝ่ายพิพิธภัณฑ์ จำนวน 1 คน มีหน้าที่รับผิดชอบดังต่อไปนี้

       - งานดูแลหอประวัติศาสตร์สุขภาพที่แสดงนิทรรศการข้อมูลจดหมายเหตุและเอกสารที่เกี่ยวข้อง

       - งานจัดทำคลังพิพิธภัณฑ์ส่วนกลางของกระทรวงสาธารณสุข

       - งานสนับสนุนด้านวิชาการในการจัดแสดงด้านพิพิธภัณฑ์ให้แก่หน่วยงานต่าง ๆ

       - งานพัฒนาการด้านพิพิธภัณฑ์ศึกษาของกระทรวงสาธารณสุข

       - งานพัฒนาศักยภาพของภัณฑารักษ์เพื่อดูแลงานด้านพิพิธภัณฑ์

       - งานอื่น ๆ ตามที่ผู้บังคับบัญชามอบหมาย

5. ฝ่ายวิชาการ ประกอบด้วย

       - งานศึกษาวิจัย จำนวน 4 คน มีหน้าที่รับผิดชอบดังนี้

       - ทำการค้นคว้า ศึกษาวิจัยด้านประวัติศาสตร์ สังคมศาสตร์ และความเป็นมนุษย์ (Health social sciences and humanities) ที่เชื่อมโยงกับสุขภาพ การแพทย์และการสาธารณสุข

       - สร้างองค์ความรู้เกี่ยวกับมิติทางประวัติศาสตร์ สังคมวัฒนธรรมและมิติความเป็นมนุษย์ที่สามารถใช้ประโยชน์ในการพัฒนาระบบสาธารณสุขและการแพทย์

       - งานอื่น ๆ ตามที่ผู้บังคับบัญชามอบหมาย

       - งานสร้างเสริมศักยภาพวิชาการ จำนวน 2 คน มีหน้าที่รับผิดชอบดังนี้

       - พัฒนาศักยภาพด้านวิชาการแก่หน่วยงานต่าง ๆ ให้สามารถใช้ทักษะ ความรู้ และเครื่องมือทางสังคมศาสตร์ มานุษยวิทยา ประวัติศาสตร์ และมนุษยศาสตร์อื่น ๆ ในการทำงาน

       - พัฒนาฐานความรู้ (knowledge base) สื่อวิชาการ และกระบวนการเรียนรู้ด้านประวัติศาสตร์ สังคมและความเป็นมนุษย์

       - งานส่งเสริมให้เกิดการนำความรู้ความเข้าใจในมิติประวัติศาสตร์ สังคมและความเป็นมนุษย์ในการประยุกต์ใช้เพื่อการพัฒนา

6. ฝ่ายบริหารงานทั่วไป จำนวน 2 คน ประกอบด้วย

       - งานบริหารทั่วไป

       - งานเลขานุการสำนักงาน

       - งานการเงินและบัญชี

       - งานแผนงานและงบประมาณ

       - งานทรัพยากรบุคคล

       - งานพัสดุ/งานสารบรรณ

       - งานสื่อสารองค์กร

       - งานเทคโนโลยีสารสนเทศและคอมพิวเตอร์

       - งานธุรการทั่วไป